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北京大学数学科学研究博士后流动站1985年由国家有关部门批准设立，1986年开始招收博士后。从开始时的每年1-2人发展到现在每年10人左右。北京大学数学科学学院四个学科全部被评为国家重点学科，有中国科学院院院士5人，第三世界科学学院有院士2人，长江特聘教授10人，国家杰出青年基金获得者13人，教授50人，博士生导师50人，副教授30人。
流动站根据博士后工作的特点，组织管理工作主要着重于为广大博士后开展科学研究，提高自身研究水平提供良好的工作环境，创造宽松和谐的学术氛围，同时对他们在研究工作方面也严格要求。如参加每周五下午学院举办的学术报告。流动站尽最大的努力，为大家提供学术交流、科学研究的平台，为以后更好地开展科学研究打好基础。
流动站在人才培养方面取得了突出的成绩，两年在北大数学科学博士后流动站期间的工作，对他们今后的发展起到了非常积极的作用。在流动站工作过的博士后人员中，已有24人取得了正高级职称，成为国内外高校、科研院所的科研和教学骨干。其中有一人当选为中科院院士，两人获得杰出青年基金，两人成为教育部跨世纪和新世纪人才，两人成为享受国务院特殊津贴的专家，一人为香港中文大学讲座教授。在北大数学科学博士后流动站博士后在科学研究中取得了突出的成绩：如文兰院士在微分动力系统方面取得了突出的研究成果，获得了陈省身数学奖和求是学者奖；朱小华教授在复几何方面取得了重要成果，获求是学者奖和杰出青年基金；巩馥州研究员在随机分析方面取得了重要成果，获陈省身数学奖和杰出青年基金；莫小欢教授在Finsler几何方面取得了重要成果，获得教育部自然科学一等奖；伍胜健教授在复分析和复动力系统方面取得了重要成果，获得教育部自然科学二等奖.
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