从1992年到北京大学工作以来，主持科研项目26个，这些项目包括国家自然科学基金重点项目、国家重大基础研究项目973、科技部863、转基因专项、国家杰出青年科学基金、国家杰出青年科学基金（B）、教育部跨世纪人才基金、洛氏基金和横向合作等项目。其中对造成我国水稻重要病害的水稻矮缩病毒(RDV)进行了系统深入地研究。发现了RDV S6基因编码的蛋白Pns6是RDV的细胞间运动蛋白，是该类病毒细胞间运动蛋白的首次报道；发现了水稻矮缩病毒S10编码的基因沉默抑制因子，这是世界上第一个植物dsRNA病毒编码的基因沉默抑制因子的报道；发现了该病毒在体内组装机制，这是该类病毒在体内组装的首次报道。在该研究领域中共发表文章20多篇，其中三篇文章已发表在国际病毒学头号学术刊物Journal of Virology上，表现出了很高的水平。到目前为止他已发表文章75篇多，其中进入SCI收录的文章30篇。合作出版专著三本，《现代分子生物学》由高教出版社1997.5正式出版，该书最近已被教育部列为高等学校分子生物学基础重点教材，并获得了中国图书奖提名奖，全国优秀科技图书奖二等奖和教育部科技进步二等奖，另外两部著作《水稻病毒分子生物学》和《云南植物病毒》由科学出版社出版。 除从事研究工作外，李毅同志还从事教学和研究生培养。主讲过《分子病毒学》，《分子生物学》，参与讲授包括《植物基因工程进展》，《基因表达调控》等课程。培养硕士和博士生20名。另外他还是植物病理学报副主编、中国植物学会外事委员会副主任、中国微生物学会病毒专业委员会植物病毒学组组长。李毅教授热爱自己从事的科研教学工作，多年来，工作一贯非常刻苦，常常在实验室工作到深夜，节假日也经常如此，是一位非常勤奋的年青教师。他不仅工作努力，学风也很严谨，并努力通过言传身教把这些优良品质传授给他的学生们。李毅同志拥护党的三中全会以来的各项方针政策，热爱。1992年回国以来，后又多次出国，每次都能按时回国。他积极靠拢组织，是我院近年来归国博士中发展的第一位党员。李毅同志是一位非常优秀的科学工作者。