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郑晓瑛博士在人口学领域中率先建立和完善了人口健康科学的交叉学科，与同事一道，应用人口学、医学、生命科学、数学、人类学、地理科学、考古学等学科的理论和方法，提出研究理论和应用方法的体系（已获奖）。在中国人口转变处在低生育水平的情况下，提出了预防出生缺陷，提高出生人口质量的理论研究实施框架。并界定了人口出生质量在人口健康储量及其代际交流的贡献。为此2000年获“首届中国优秀博士后奖”和“国家杰出青年基金”。
在被聘为“国家出生缺陷综合干预工程”首席科学家和国家重点基础研究发展规划人口与健康领域项目——“中国人口出生缺陷的遗传与环境可控性研究”（973项目）首席科学家后，与来自不同相关学科领域的学者开辟了对中国出生缺陷的遗传代谢、营养行为、生物物理、社会经济等系统研究方法。通过几年的深入研究，发现我国出生缺陷高发地区的危险暴露因素的复杂因素的协同作用，并用空间分析和流行病学方法定位了高发地区出生缺陷发生的热点地区。该成果在国际上发表后，引起了各个相关学界的高度重视。最近，提出的高发地区人口出生缺陷发生的“地理－营养-微环境”假说又将学术研究推向一个新的阶段。她已完成联合国儿童基金、联合国计划发展署、世界银行、世界卫生组织、联合国人口基金、国家教育部、国家自然科学基金、国家社会科学基金、国家发展与改革委员会，国家卫生部等20余项国内外资助有关生殖健康、人口与老年、卫生经济等方面的研究项目。编、著、译著作9部，发表中英文论文80余篇,并为联合国机构、国际组织和我国政府撰写了6份报告。2003年被聘为国家科技部“国家中长期科技发展规划战略研究咨询专家”。2004年成为我国社会科学交叉学科领域首批长江学者特聘教授。
在教学岗位上，她以极大的热诚工作在教学第一线。10年来按照WHO/联合国合作中心的要求，坚持为中外学生讲授英文课程《生殖健康的社会科学研究》主干基础课。在历年的联合国合作中心的审核评估中，她与人口所教员的英文教学取得佳绩并获得连续准批，培养了菲律宾、南韩、蒙古、朝鲜、孟加拉、印度、巴基斯坦、尼泊尔、越南、乌干达、埃塞俄比亚、赞比亚、坦桑尼亚等13
国家的25
名经济学和社会学硕士和博士。在讲授的各门中文和英文课程中积极推动互动式的教学，十分重视知识的引进、更新和发展，不断将国内外前沿科研成果融入课程讲授中。在人口、环境、健康发展研究的学生培养中，不断改革培养学生的方法，根据学生的不同兴趣和研究课题进行面对面个人辅导，并坚持每周的“学生研究讨论周会”。创造各种机会，让学生参加在国内外召开的学术会议和活动。使学生的科研能力不断提高，他们获得了“三好学生标兵”、“优秀博士论文”、“挑战杯奖”等奖项。同时，还帮助学生独立申请到国家部委的数个课题，并协助他们成功的完成项目的研究内容。
除了学校的大量教学科研和管理工作外，还承担了国际机构和国家部委的科学发展咨询工作。目前，还兼任中国人口学会副会长、中国优生优育科学技术学会会长、中国老年教学与科研委员会副主任等社会工作，以及《市场与人口分析杂志》主编和其他国内外杂志的编委和审稿人。深入进行中国人口出生质量的研究。目前，她领导的人口、环境、健康交叉学科研究团队，不断整合国内不同机构和部门的研究资源，广泛团结跨学科人才，充分发挥大家相互合作，优势互补、资源共享、联合攻关的积极性，正在团结和谐的良好学术氛围中健康稳步地发展。
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